En la última etapa tras derrotar a los Amos Oscuros los niños se enteran de que no eran su verdadero enemigo sino que el estaba presente en todo el digimundo y él era el que causaba esa curvatura en el Digimundo y que los Amos Oscuros solo eran producto de esa curvatura. Así los niños elegidos durante los dos últimos capítulos deben enfrentarse al último digimon oscuro, Apocalymon, quien sólo con su existencia hacía peligrar los dos mundos. Después de una breve batalla Apocalymon destruye los emblemas y los digimon no pueden digievolucionar, pero los niños descubren que los emblemas eran realmente sus corazones, y al descubrir que cuando se usa el emblema también se usa el de todos, así todos vuelven a digievolucionar, y juntos derrotan a Apocalymon. Tras ello, el digimundo empieza a renacer y con él los digimon que dieron sus vidas por restaurar la paz. Sin embargo, los Niños Elegidos tienen que regresar a su mundo, por lo que se despiden de sus digimon con la esperanza de volver a verlos algún día.
