En esta etapa entran en escena los Amos oscuros (Dark Masters), quienes se apoderaron del digimundo en el tiempo en que los Niños Elegidos estuvieron en el mundo real. A pesar de un enfrentamiento entre Tai y Matt, quienes dividen al grupo, consiguen derrotarlos uno por uno, mientras se van narrando las aventuras de los niños mientras están separados.
