Al llegar al Mundo Digital, los niños se separan en la búsqueda de Calumon. Finalmente, tras vencer a los Deva restantes y a Beelzemon, y enfrentarse a Zhuqiaomon, uno de los cuatro dioses, los Tamers descubren que el verdadero enemigo es D-Reaper, un programa que pretende borrar todo el Mundo Digital; ahora deben encontrar la forma de vencerle.
